โรงเรียนคงทองวิทยาเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษานครปฐม เปิดทำการสอนตั้งแต่วันที่ 17 พฤษภาคม 2508 จนถึงปัจจุบัน ได้มีการปรับปรุงพัฒนาจนเจริญก้าวหน้าเป็นลำดับเพื่อให้เห็นถึงภูมิหลัง และสภาพของโรงเรียนโดยทั่วไป จึงขอนำเสนอเป็นภาพรวมของโรงเรียน ดังต่อไปนี้
          โรงเรียนคงทองวิทยาตั้งอยู่เลขที่ 135 หมู่ที่ 1 ถนนเศรษฐวิถี ตำบลสามง่าม อำเภอดอนตูม จังหวัดนครปฐม รหัสไปรษณีย์ 73150 ห่างจากตัวจังหวัดนครปฐมประมาณ 19 กิโลเมตร โทรศัพท์ 0-3438-1769 และหมายเลขโทรสาร 0-3438-1077
          โรงเรียนคงทองวิทยา เปิดทำการสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น เมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม 2508 โดยได้รับความเมตตาอุปการะจากท่าน พระครูภาวนาสังวรคุณ (หลวงพ่อเต๋คงทอง) เจ้าอาวาสวัดสามง่ามในสมัยนั้น ได้มอบที่ดินจำนวน 25 ไร่ 3 งานพร้อมด้วยอาคารเรียนแบบ 2 ชั้น 12 ห้องเรียนราคา 1,200,000 บาท โดยใช้ชื่ออาคารว่า “ตึกคงทอง” ตึกดังกล่าว สมเด็จพระราชชนนีศรีสังวาลย์ เสด็จทรงวางศิลาฤกษ์ เมื่อวันศุกร์ที่ ๓๑ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๑๒ เวลา ๑๔.๑๕ น. นอกจากนี้หลวงพ่อยังสมทบเงินในการก่อสร้างอาคารประกอบอีกมากมาย ในขณะที่โรงเรียนกำลังก่อสร้างอาคารเรียนได้รับความอนุเคราะห์จากโรงเรียนวัดสามง่าม ซึ่งตั้งอยู่บริเวณใกล้เคียงกันอนุญาตให้ใช้อาคารเรียนและสถานที่บางส่วนของโรงเรียนวัดสามง่าม ดำเนินการเรียนการสอนไปก่อนจนกระทั่งปี 2514 การก่อสร้างอาคารเรียนหลังแรกของโรงเรียนคงทองวิทยาเสร็จสมบูรณ์ และเริ่มใช้ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา ต่อมาในปี พ.ศ. 2524 โรงเรียนได้รับอนุมัติจากกรมสามัญศึกษาให้เปิดทำการสอนถึงระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย
          ปีการศึกษา 2544 โรงเรียนได้จัดสร้างอาคารเรียนแบบพิเศษ (แบบสำนักงานประถมศึกษาอำเภอ) 2 ชั้น โดยได้รับการสนับสนุนงบประมาณค่าก่อสร้างจาก นายบุญสม – นางตังบ๊วย ชมภูพงศ์ เป็นจำนวนเงิน 3,000,000 บาท เพื่อใช้เป็นอาคารสำนักงานและห้องเรียน
          ปีการศึกษา 2545 โรงเรียนได้จัดสร้างศูนย์วิทยบริการเฉลิมพระเกียรติ ในโอกาสครบรอบ 50 พรรษา สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร เพื่อให้บริการอินเทอร์เน็ตแก่นักเรียน ซึ่งในเบื้องต้น มีจำนวน 15 เครื่อง และเปิดให้บริการ ตั้งแต่วันที่ 28 กรกฎาคม 2545 เป็นต้นมา
          ปีการศึกษา 2546 โรงเรียนได้จัดตั้งห้องเทคโนโลยีทางการศึกษา เพื่อใช้เป็นห้องเรียนค้นคว้าหาความรู้ และห้องประชุม จัดตั้งศูนย์อิเล็กทรอนิกส์เพื่อเป็นแหล่งข้อมูลของนักเรียนและบุคลากรภายในโรงเรียน จัดสร้างฐานเสาธง สร้างอาคารคลุมทางเดินเท้าเข้าประตูโรงเรียนถึงอาคาร 1 และอาคาร 2 และจัดสร้างอาคารชมภูพงศ์
          ปีการศึกษา 2547 โรงเรียนคงทองวิทยาได้รับคัดเลือกเป็นโรงเรียนในโครงการ 1 อำเภอ 1 โรงเรียนในฝันของอำเภอตูม จึงได้พัฒนาสิ่งแวดล้อมและบรรยากาศภายในโรงเรียนให้สวยงามเป็นแหล่งเรียนรู้และเอื้ออำนวยต่อการเรียนการสอน โรงเรียนได้จัดกิจกรรมพัฒนาศักยภาพของนักเรียนที่มีความสามารถพิเศษ ด้านต่าง ๆ เช่น ดนตรี ศิลปะ กีฬา และอื่น ๆ โดยจัดสร้างเวทีกลางแจ้ง เพื่อแสดงผลงานของนักเรียนในชั่วโมงกิจกรรมตามความถนัด
          ปีการศึกษา 2548 ปรับปรุงห้องศูนย์ ICT เพื่อใช้ประกอบการเรียนการสอนในกลุ่มสาระต่างๆและได้พัฒนาการเรียนการสอนรวมทั้งสภาพแวดล้อมจนได้รับการประเมินให้เป็นต้นแบบโรงเรียนในฝันตามโครงการหนึ่งอำเภอหนึ่งโรงเรียนในฝันของรัฐบาล เมื่อวันที่ 10 กุมภาพันธ์ 2549 และได้รับเกียรติบัตรจาก พ.ต.ท. ดร.ทักษิณ ชินวัตร นายกรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 16 มีนาคม 2549
          ปีการศึกษา 2549 โรงเรียนได้จัดสร้างอาคารเรียนแบบพิเศษ 3 ชั้น โดยได้รับการสนับสนุนงบประมาณ ค่าก่อสร้างจาก พระครูปยุตนวการ (หลวงพ่อแย้ม ฐานยุตโต) เจ้าอาวาสวัดสามง่าม จำนวนเงิน 6,000,000 บาท และ ผู้มีจิตศรัทธาร่วมบริจาคสมทบจำนวนเงิน 2,000,000 บาท รวมค่าก่อสร้างทั้งสิ้น 8,000,000 บาท เพื่อใช้เป็น อาคารเรียนและห้องประชุม
          ปีการศึกษา 2550 ได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนนำร่องในการดำเนินงานโรงเรียนผู้นำการเปลี่ยนแปลง เพื่อรองรับการกระจายอำนาจ โรงเรียนคงทองวิทยาได้รับการพัฒนาก้าวหน้ามาเป็นลำดับ
          ปีการศึกษา 2551 โรงเรียนสร้างอาคารเรียนแบบพิเศษ 4 ชั้น จำนวน 12 ห้องเรียนราคา 7,000,00 บาท เพื่อทดแทนอาคารเก่าที่รื้อถอนเนื่องจากเสาคานแตกร้าว โดยได้รับการสนับสนุนจากท่าน พระครูปยุตนวการ (หลวงพ่อแย้ม ฐานยุตโต) เจ้าอาวาสวัดสามง่าม บริจาคเงิน 1,500,000 บาท ร่วมกับคุณปรีดา รวมเมฆ ประธานกรรมการ บริษัท ศรีพูนทรัพย์ จำกัด ทำการก่อสร้างในด้านการเรียนการสอนโรงเรียนได้จัดห้องเรียนคอมพิวเตอร์เพิ่มอีก 2 ห้อง ติดตั้งเครื่องคอมพิวเตอร์จำนวน 50 เครื่อง พร้อมอุปกรณ์เป็นเงิน 2,000,000 บาท
          ปีการศึกษา 2555 โรงเรียนคงทองวิทยา ได้จัดทำห้องเรียนคุณภาพที่ใช้เทคโนโลยีที่ทันสมัย
มีคอมพิวเตอร์ โปรเจคเตอร์ และกระดานไร้ฝุ่นระบบสัมผัสสามารถสืบค้นข้อมูลจากการเชื่อมต่อระบบอินเทอร์เน็ต พร้อมการนำเสนอ และจอสัมผัสแบบเขียนได้ พร้อมติดเครื่องปรับอากาศและม่าน
จำนวน 8 ห้อง ที่อาคาร 5 ปรับปรุงหอประชุมปูพื้นปาเก้ และทำประตูใหม่ปรับปรุงสนามหลังหอประชุม โดยสร้างหลังคาและเทพื้นใหม่
          ปีการศึกษา 2556 โรงเรียนคงทองวิทยา ได้จัดทำห้องเรียนคุณภาพที่ใช้เทคโนโลยีที่ทันสมัย
มีคอมพิวเตอร์ โปรเจคเตอร์ และกระดานไร้ฝุ่นระบบสัมผัสสามารถสืบค้นข้อมูลจากอินเทอร์เน็ตมานำเสนอได้ และสามารถใช้นิ้วมือเขียนกระดานได้ จำนวน 20 ห้องที่อาคาร 1 อาคาร 2 และอาคาร 4 จัดทำห้องเรียนภาษาจีน และปรับปรุงหลังคาหน้าอาคาร 1 และอาคาร 2 ให้ร่มรื่นพร้อมตั้งชุดโต๊ะม้าหินขัดเพื่อให้นักเรียนได้มีที่พักผ่อนและทำงาน
          ปีการศึกษา 2557 โรงเรียนคงทองวิทยา ได้รับการรับรองมาตรฐานการศึกษารอบ 3
(พ.ศ. 2554-2558) จากสำนักงานรับรองมาตรฐานและการประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน) ในระดับดี ได้รับเกียรติบัตรผ่านการประเมินโรงเรียนต้นแบบ “การพัฒนาคุณธรรมนำวิชาการตามหลัก ความดีพื้นฐานสากล” ในโครงการพัฒนาคุณภาพโรงเรียนในฝันและโรงเรียนมาตรฐานสากล ปีการศึกษา 2556 จากสมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ ประธานคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช และได้รับรางวัลสถานศึกษาสีขาวปลอดยาเสพติดและอบายมุข ระดับดีเด่น ปีการศึกษา 2557 รางวัลโล่เสมา ป.ป.ส. ระดับดีเด่น ในโครงการสถานศึกษาป้องกันยาเสพติด
          ปีการศึกษา 2558 โรงเรียนได้รับการพิจารณาอนุมัติงบประมาณจาก สพฐ. ซ่อมแซมอาคาร 1 เนื่องจากปูนระเบิด แตกร้าว และลอกร่อน เป็นเงิน 1,900,000 บาท ทาสี ปรับปรุง หลังคา ตะแกรงกันนก และถมใต้ถุนอาคาร 1 เป็นเงิน 1,351,989.35 บาท ปรับปรุงห้องน้ำ ห้องปฏิบัติการ กลุ่มสาระการเรียนรู้การงานอาชีพและเทคโนโลยี เป็นเงิน 138,000 บาท ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 2/2ล/57-ก เป็นเงิน 16,198,000 บาท
          ปีการศึกษา 2559 โรงเรียนได้รับการพิจารณาอนุมัติงบประมาณจากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน ปรังปรุงอาคาร 3 เป็นเงิน 419,300 บาท จัดซื้ออุปกรณ์และสื่อการเรียนรู้สะเต็มศึกษาเป็นเงิน 20,000 บาท จัดซื้อสื่อการเรียนการสอนกลุ่มสาระคณิตศาสตร์ระดับมัธยมศึกษาตอนต้น เป็นเงิน 500,000 บาท
          ปีการศึกษา 2560 โรงเรียนดำเนินการสร้องอาคารเรียน 6 ซึ่งได้รับการพิจาณาอนุมัติงบประมาณจากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน เป็นเงิน 17,380,500 บาท ได้รับรางวัลชนะเลิศการประกวดแข่งขันบรรยายธรรม ระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น รองชนะเลิศอันดับ 1 พระราชทานโล่รางวัลจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี
          ปีการศึกษา 2561 โรงเรียนคงทองวิทยาได้ผ่านการประเมินโรงเรียนมาตรฐานสากล (World-Class Standard School) ระดับ SCQA ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากกรมทรัพยากรน้ำในการเครื่องทำน้ำดื่ม
          ปีการศึกษา 2562 โรงเรียนคงทองวิทยาได้ผ่านการประเมินโรงเรียนสถานศึกษาปลอดภัย เป็นการสร้างเครือข่ายความร่วมมือของการพัฒนาและรณรงค์ความปลอดภัยในสถานศึกษา
          ปีการศึกษา 2563 โรงเรียนคงทองวิทยาได้รับรางวัล สถานศึกษาสีขาว ปลอดยาเสพติดและอบายมุข ระดับเพชร รางวัลระบบการดูแลช่วยเหลือนักเรียน รองชนะเลิศ ระดับดีเด่น ของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 9
          ปีการศึกษา 2564 โรงเรียนคงทองวิทยาได้รับรางวัลที่เป็นความภาคภูมิใจของชาวคงทองวิทยา รางวัลผ่านการประเมินโรงเรียนสถานศึกษาปลอดภัย ระดับดีเด่น 3 ปีซ้อน รางวัลเหรียญทอง ระดับดีเยี่ยม นวัตกรรมด้านการบริหาร จัดการศึกษา สำนักงานศึกษาธิการภาค 2 ตามโครงการ Innovation For Thai Education (IFTE) โล่เกียรติคุณ รางวัลพฤหัสบดี ประเภทสถานศึกษาและโรงเรียนวิถีพุทธพระราชทาน ในสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี รุ่นที่ 4
          ปีการศึกษา 2565 โรงเรียนคงทองวิทยาผ่านการประเมินคุณภาพภายนอก ภายใต้สถานการณ์โควิด (COVID-19) จากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพภายนอก (สมศ.) ได้รับรางวัล สถานศึกษาปลอดภัย ประจำปี 2565 ปีที่ 4 ติดต่อกัน
โรงเรียนคงทองวิทยาได้รับการพัฒนาก้าวหน้ามาเป็นลำดับจนกลายเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาขนาดใหญ่พิเศษ ประจำอำเภอดอนตูม ที่มีความพร้อมในทุกๆ ด้าน และมีคุณภาพ ตามมาตรฐานการศึกษาที่กำหนดเป็นที่ยอมรับและเชื่อมั่นจากชุมชนได้รับการสนับสนุนเป็นอย่างดีจากประชาชนชาวอำเภอดอนตูม และบริเวณใกล้เคียงจนได้รับการคัดเลือก เข้าร่วมโครงการหนึ่งอำเภอหนึ่งโรงเรียนมีคุณภาพและได้ผ่านการประเมินจากคณะกรรมการรับรองให้เป็นโรงเรียนต้นแบบของโรงเรียนในฝันและเป็นโรงเรียนที่ได้รับการคัดเลือกเข้าร่วมโครงการส่งเสริมประสิทธิภาพสถานศึกษาระดับมัธยมศึกษาประเภทที่หนึ่ง เพื่อรองรับการกระจายอำนาจและการจัดการศึกษา โรงเรียนวิถีพุทธพระราชทาน